La detección y diferenciación de protozoos (distinguiendo las formas patógenas de las no patógenas) es una tarea bastante compleja. La mayoría de los organismos unicelulares presentes en las heces se encuentran en dos formas: vegetativa (estadio de trofozoíto), activa, móvil, vital, fácilmente susceptible a efectos nocivos (en particular, al enfriamiento) y, por lo tanto, muere rápidamente tras su excreción intestinal; y en forma de quistes (ooquistes), resistentes a las influencias externas.
