La principal causa de daño a la mucosa oral y faríngea es la infección. Sin embargo, cabe destacar que el dolor de garganta también puede deberse a factores no infecciosos: daño mecánico, exposición al humo del tabaco, inhalación de aire contaminado o sobreenfriado, esfuerzo vocal, presencia de un cuerpo extraño en la garganta, lesión en la garganta, así como enfermedades de otros órganos y sistemas.