Se ha descrito la deficiencia congénita de enteroquinasa, así como la deficiencia transitoria de enzimas en bebés extremadamente prematuros. Como resultado de la deficiencia de enteroquinasa, se altera la conversión de tripsinógeno a tripsina, lo que provoca la degradación de proteínas en el intestino delgado. En la patología duodenal, también es posible la deficiencia de duodenasa, lo que conduce a una deficiencia de peptidasa.