Las causas de la colangitis esclerosante son numerosas. Su resultado es una fibrosis progresiva y, como consecuencia, la desaparición de las vías biliares intra y/o extrahepáticas. En las primeras etapas, el daño a las vías biliares y a los hepatocitos no es tan pronunciado; posteriormente, se desarrolla insuficiencia hepática.