La neutropenia aloinmune o isoinmune del recién nacido se produce en el feto debido a la incompatibilidad antigénica de los neutrófilos del feto y de la madre. Los isoanticuerpos maternos pertenecen a la clase IgG, atraviesan la barrera placentaria y destruyen los neutrófilos del niño. Los isoanticuerpos suelen ser leucoaglutininas, reaccionan con las células del paciente y de su padre, pero no con las células de la madre.